По поводу "е" и "ё" - буквально полгода назад приключилась история с братом жены, у него в свидетельстве о рождении фамилия окончание на "-ев", а в большинстве документов - "-ёв". В результате возникли вопросы во время переоформления права собственности на долю в квартире, потом по цепочке дальше - в итоге он менял ВСЕ документы с "ё", потому что свидетельство о рождении - главный источник "правильности".
По поводу латиницы - проблем внутри страны, по идее, быть не должно, ибо смотрят у нас всё-таки на кириллицу. А вот при выезде за границу - теоретически могут, например, если ехать на своей машине, и в загране будет по-другому чем в свидетельстве о регистрации ТС. Скажут "не ваша машина", и всё тут. Там-то кириллица пофигу )
Так что я бы, наверное, всё-таки пытался следить за тем, чтобы "государевы люди" списывали латиницу с заграна или по моему образцу, а не "из головы"...